新修订的《公检办法》与以前相比，主要有五方面内容发生变化：一是新疆交割仓库“期货棉公检”与“监管棉公检”合二为一；二是增加对掺杂使假等 违法行为的检查内容；三是区别新疆地区和非新疆地区交割仓库报检流程；四是对入库棉花全部实行100%抽样检验；五是删除中转库和中转仓单相关规定条款。
据了解，由于新疆棉花执行国家目标价格改革相关政策规定，新疆棉花进入新疆交割仓库注册期货仓单，必须在符合国家政策的前提下进行，也就是要按目标价格改革进行“监管棉公检”。因此，办法修订时，为降低交割成本，中纤局提出将“期货棉公检”与“监管棉公检”合二为一。
为提前发现并监督棉花掺杂使假、以次充好等违法行为，此次《公检办法》修订增加了现场公检时，每批棉花随机挑选10包，进行开包检查，以判断棉花的一致性，鉴别是否存在掺杂使假等违法现象。
由于新疆棉花进入新疆交割仓库注册期货仓单，必须要先按目标价格改革进行监管棉检验，之后才能转为期货交割棉，注册仓单流程与内地仓库不尽相同。为此，《公检办法》对新疆地区和非新疆地区交割仓库的报检流程进行了区分。
目前，新疆监管棉和国储棉在入库时，均采取了100%抽样检验方式，此次监管棉与期货棉检验合二为一后，为保持检验规则的一致性，新办法规定无论是新疆还是内地仓库，在新棉花入库时均采取100%抽样检验方式。
鉴于新疆棉花交割仓库将于2017年9月启用，原有的中转交割仓库不再运行。因此，《公检办法》中去除了有关中转库和中转仓单的条款。
