党的十八届三中全会提出：“全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化。” 全会通过的《决定》指出：全面深化改革，必须立足于我国长期处于社会主义初级阶段这个最大实际，坚持发展仍是解决我国所有问题的关键这个重大战略判断，以经济建设为中心，发挥经济体制改革牵引作用，推动生产关系同生产力、上层建筑同经济基础相适应，推动经济社会持续健康发展。经济体制改革是全面深化改革的重点，核心问题是处理好政府和市场的关系，使市场在资源配置中起决定性作用和更好发挥政府作用。市场决定资源配置是市场经济的一般规律，健全社会主义市场经济体制必须遵循这条规律，着力解决市场体系不完善、政府干预过多和监管不到位问题。
供销合作社作为合作经济组织，作为我国农村工作体系不可或缺的重要组成部分，其自身的改革也是完善中国特色社会主义制度、提高国家治理能力不可缺少的环节。供销合作社应在行政管理体制改革和政府职能转变中找定位、谋角色。政府职能转变为供销合作社承接相关职能、拓宽工作平台创造了有力条件。当前，党委政府及很多部门之所以看重供销合作社，并不是因为供销合作社有多少行政职能，而在于我们是合作经济组织，在服务“三农”中能够更好地利用市场机制，发挥市场主体的优势和功能。在农村工作体系中，不仅需要现有的行政渠道，还要有更多通畅的经济渠道，供销合作社要在这方面努力成为政府联系人民群众、沟通市场的主渠道。这就要通过深化改革，使供销合作社本身成为具有一定公益属性、承担一定公共职能的合作经济组织。
供销合作社应在建立适应市场经济要求的制度体系、组织体系上下狠心、用真力。供销合作社是个老系统、大系统，发展中又经历了大的曲折，旧体制遗留下的管理体制、运行机制、思维方式、工作作风至今仍在束缚着我们的思想，影响着我们的工作。再加上组织机构比较特殊，联合社基本上是参公管理，系统的行政化倾向还比较严重，需要在体制机制方面改革，努力创新、探索。值得特别提出的是，全系统要清醒认识到，现在加快转变政府职能，政府部门都在简政放权，供销合作社再回到政府序列，既不可能也不现实，必须痛下决心按照经济组织的属性和要求，从体制机制上改革创新，真正建立一整套适应市场经济发展要求的制度体系，坚持用市场的、经济的办法手段开展经营和服务，真正建立起自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的运行机制。要按照这种运行机制的要求，建设社有企业。要按照十八届三中全会的要求，以规范经营决策、资产保值增值、提高企业效率、增强企业活力、履行为农服务功能为重点，进一步深化社有企业改革，加快完善现代企业制度，建立健全协调运转、有效制衡的公司法人治理结构，建立长效激励约束机制。从组织体系来说，要以密切各层级之间的有机联系为重点，建设上下贯通、运行高效的组织体系；理顺供销合作社管理体制，完善社有资产管理体制，推进社有企业联合合作；优化层级分工，实现各层级供销合作社的联动，形成开放包容、充满活力的组织架构，努力成为落实强农惠农富农政策的有效载体。
供销合作社应在真正与农民结成利益共同体上想办法、探路子。这是供销合作社体制创新的根本之点。能否把供销合作社的基层组织延伸到农民身边，把贴心的服务送到田间地头，把农民群众吸收到供销合作社的组织体系中来，从组织上、经济上密切与农民的关系，决定着供销合作社深化改革的成败与否。当前，基层组织仍是全系统最薄弱的环节，基层社与农民之间还没有形成紧密的利益关系，改制后的基层社也多以职工入股的一般企业存在，与农民主要是商品买卖关系，与办成真正的农民合作经济组织的目标还有很大的差距。这种状况与当前农业农村的发展形势极不适应，与广大农民的需求极不适应，与供销合作社科学发展的要求极不适应，必须举全系统之力，从根本上把这种局面扭转过来。以县及县以下基层供销合作社为重点，密切与农民组织上和经济上的联系；加强基层组织建设，大力发展村级综合服务社，重组改造乡镇基层供销合作社，强化县级社为各类合作经济组织服务的平台功能。当前，在探索与农民结成利益共同体、完善基层组织体系方面，各地供销合作社不乏值得借鉴的典型，如河北省社依托专业合作社联合社、社区综合服务中心等，按照合作制、股份合作制等形式推进新型基层社建设的经验；山东省社充分发挥基层社骨干作用，大力发展大田作物生产服务创新，通过开展全过程服务或重点环节服务，进一步密切与农民联系，创建农村生产经营服务新体系的探索等。这些典型经验都值得各地供销合作社学习借鉴，并结合当地实际创新实践。
供销合作社自身的发展实践已经充分证明，能在低迷中闯出新路，在困境中走向复兴，最根本的是靠改革，靠体制机制的创新。而全面深化改革更不是简单的修修补补，全系统上下应以前所未有的决心，加大改革力度，突破既有框架，把供销合作社真正建成符合我国国情的、具有完善组织体系和规模优势、体现政策导向、为农民提供综合服务的合作经济组织，打造成农业社会化服务的骨干力量，农村现代流通的主导力量，农民专业合作的带动力量，使供销合作社成为中国特色农村工作体系和农村服务体系的重要组成部分。
