2005年10月18日,中国东盟农资商会筹备会议在南宁召开。
中国东盟农资商会是全国供销总社主管的唯一涉外社团,也是国家民政部登记在册的28家全国性涉外社团之一。其筹备、成立再到正式运作的全过程,充满了开拓创新的精神。目前,中国东盟农资商会是成立不到6年的年轻社团。其从筹备之日起,就明显区别于绝大多数社团的成立主要由行政推动,从政府机关、事业单位分流业务、分流人员组成的模式,走自下而上、市场化办会、企业家办会的道路。
随着中国-东盟自由贸易区建设进程的不断加快,中国-东盟博览会永久落户南宁并成功搭建起中国与东盟多领域交流与合作的平台,在中国政府积极推进泛北部湾区域经济合作的大背景下,本着为办好中国-东盟博览会和促进中国-东盟自由贸易区建设做出贡献的愿望,一批参加中国-东盟博览会的中国和东盟国家企业家一拍即合,提出了以组建区域性跨国非政府组织的方式促进区域内同行业联合发展的创新构想。这一构想得到了中华全国供销合作总社、东盟大部分国家合作社联盟以及广西壮族自治区党委、人民政府的赞同。广西供销合作社联合中国农业生产资料集团公司、中肥(香港)集团,共同发起筹备中国东盟农资商会。
2008年10月21日,时任广西壮族自治区副主席陈章良和中华全国供销合作总社党组成员、理事会副主任赵显人为中国东盟农资商会揭牌。
2008年10月21日,中国东盟农资商会成立大会在广西南宁市隆重举行,来自中国和越南、马来西亚、缅甸、泰国、文莱、韩国及中国台湾等10多个国家和地区的会员企业代表200多名出席了大会。商会成立后,鉴于广西在对东盟合作的区位优势和良好工作基础,总部设在南宁市,为了加强与业务主管部门、登记管理机关及其他国家机关的沟通联系,在北京设立了代表处。